本实验室是依托中国高等中医教育的奠基者承淡安学部委员创立的南京中医药大学中医针灸学科建立的，最早起源于1982年建立的针灸研究室。1994年，经省政府批准成为江苏省针灸学重点实验室，于2002年通过验收，成为本领域第一个省级重点实验室。2008年经教育部批准，成为针药结合教育部重点实验室（省部共建），2016年通过教育部验收。

        目前实验室面积3100平方米。拥有实验设备5273万元，其中10万元以上设备88台套。建设有能够满足当前实验室研究需要的13个实验、研究室及功能单元。

        （1）高通量测序平台

        （2）分子生物学室

        （3）生理、药理室

        （4）形态室

        （5）小动物活体影像研究单元

        （6）动物行为学研究单元

        （7）经穴脏腑相关研究室

        （8）腧穴效应研究室

        （9）针灸治疗抑郁症研究室

        （10）针灸治疗代谢性疾病研究室

        （11）针灸镇痛研究室

        （12）针灸临床疗效评价研究室

        （13）澄江针灸学派研究中心

        围绕针灸结合学的创建，实验室从理论构建、临床应用及阐明机制三个方面确定了三个研究方向：

        （1）针药结合理论体系创建与应用：传承中医学针药结合思想精华，中西医结合，构建遵循中医学整体调节核心理念、基于当代医学知识背景的针药结合知识体系，指导临床合理应用针药结合提高疗效；

        （2）针药结合诊疗体系的构建及临床循证研究：总结针药结合临床经验，发现针药结合治疗的优势病种或解决重大疾病的关键环节，制订针药结合临床诊疗方案，开展循证研究，制订临床指南；

        （3）针药结合防治优势病种的机制研究：针灸主要通过体表适宜刺激调节人体自身功能维护健康，药物依赖自身理化性质作用于机体维护健康，阐明内、外两种因素协同增效的机制，不仅是针药结合理论构建和临床应用的需要，更是中医整体调节观念当代发展的迫切需求。